El Patronato es el órgano de gobierno, representación y administración de la Fundación, ostenta todas las facultades de administración y disposición del patrimonio, sin más limitaciones que las establecidas legalmente. Es a este órgano a quien le corresponde el cumplimiento de los fines fundacionales.

• Acordar la incorporación de nuevas entidades a la Fundación.
• Conocer y aprobar el presupuesto y las cuentas anuales, así como el plan de actuación.
• Aceptar las aportaciones económicas y otras adquisiciones a título gratuito, con las condiciones o cargas impuestas en su caso.
• Nombrar al Director de la Fundación y establecer su sueldo.
• Designar a los miembros del Comité Científico.
• Aprobar la modificación de los estatutos.
• Aprobar la fusión y la liquidación de la fundación.
• Cualquier acto que requiera la autorización del Protectorado.

De conformidad con lo establecido en el artículo 10 de los Estatutos, está compuesto por nueve cargos por razón del cargo:

• La persona titular del departamento del Gobierno de Aragón competente en materia de investigación e innovación científica y tecnológica, que ejercerá la Presidencia del Patronato.
• La persona titular de la secretaría general del ministerio competente en materia de ciencia a la que se le atribuyan competencias en materia de investigación, que ostentará la Vicepresidencia del Patronato.
• La persona titular del departamento del Gobierno de Aragón al que se le atribuyan las competencias de presidencia y relaciones institucionales.
• La persona que ostente la Presidencia del Instituto Aragonés de Fomento.
• La persona titular de la dirección general competente en materia de investigación del ministerio al que se le atribuyan competencias en materia de ciencia.
• La persona titular de la subdirección general competente en materia de grandes instalaciones científico-técnicas del ministerio al que se le atribuyan competencias en materia de ciencia.
• La persona titular de la secretaría general técnica del departamento del Gobierno de Aragón competente en materia de investigación e innovación científica y tecnológica.
• La persona titular de la dirección general del Gobierno de Aragón responsable en materia de gestión de la investigación e innovación.
• La persona titular del Vicerrectorado de la Universidad de Zaragoza con competencias en materia de política científica.

El cargo de patrono deberá ejercerse personalmente. No obstante, podrá designar para actuar en su nombre y representación a otra patrona o patrono. Esta actuación será siempre para actos concretos y deberá ajustarse a las instrucciones que, en su caso, la persona representada formule por escrito. Asimismo, podrá actuar en nombre de quien fuera llamado a ejercer la función de patrono por razón del cargo que ocupare, la persona a quien corresponda su sustitución.

Actualmente la composición del Patronato queda de la siguiente manera:

Nombre	Institución
Presidenta
Dª María Eugenia Díaz Calvo	Consejera de Ciencia, Universidad y Sociedad del Conocimiento, Gobierno de Aragón
Vicepresidenta
Dª Raquel Yotti Álvarez	Secretaria General de Investigación - Ministerio de Ciencia e Innovación
Vocales
D. Gonzalo Arévalo Nieto	Director General de Planificación de la Investigación - Ministerio de Ciencia e Innovación
D. Jośe Ignacio Doncel Morales	Subdirector General de Grandes ICTS - Ministerio de Ciencia e Innovación
Dª María Teresa Pérez Esteban	Consejera del Departamento de Presidencia y RR. II. del Gobierno de Aragón
D. Arturo Aliaga López	Presidente del Instituto Aragonés de Fomento, Gobierno de Aragón
D. Iván Andrés Martínez	SGT del Departamento de Ciencia, Universidad y Sociedad del Conocimiento, Gobierno de Aragón
D. Ramón Guirado Guillén	Director General de Investigación e Innovación del Departamento de Ciencia, Universidad y Sociedad del Conocimiento, Gobierno de Aragón
Dª. Rosa Mª Bolea Bailo	Vicerrectora de Política Científica de la Universidad de Zaragoza

En la reunión del Patronato celebrada el 11 de diciembre de 2019 se designó Secretaria no patrono a Dª Ana Ana Gilart Valls, y con fecha 13 de enero de 2017 se designó Secretaria suplente a Dª Isabel Loreto Elía Pérez.

El Director es nombrado por el Patronato, y asiste a las reuniones de éste con voz pero sin voto.

El Patronato, en su reunión de fecha 13 de enero de 2017, nombró a D. Javier Cenarro Director del CEFCA, atribuyéndole todas las funciones que el artículo 21 de los Estatutos asignan al cargo de Director.

El artículo 8 de los Estatutos constituye un tercer órgano de la Fundación, el Comité Científico Asesor, a quien le corresponde, de conformidad con el artículo 20, ayudar al Patronato en el fiel cumplimiento de los fines de la Fundación. Así, el Comité evaluará anualmente la trayectoria de CEFCA y propondrá orientaciones de futuro en un informe anual.

Está compuesto por tres científicos de reconocido prestigio en el campo de la Astrofísica y la Cosmología designados por el Patronato por un periodo de tres años. El cargo tiene carácter honorífico, no devengando retribución ni contraprestación alguna, salvo los gastos necesarios para el desempeño de su función.

Actualmente el Comité Científico Asesor está formado por:

Nombre	Institución
Profesor Marc Balcells	Grupo de Telescopios Isaac Newton
Profesora Francesca Figueras	Institut de Cìencies del Cosmos. Universidad de Barcelona
Profesor Javier Gorgas	Universidad Complutense de Madrid